6mA-IP Seq 6mA免疫共沉淀测序

哺乳动物中最主要的DNA修饰是5mC(5-甲基胞嘧啶),占人类DNA中总胞嘧啶的3%～6%。相反,5mC在原核生物中很少,而6mA(N6-甲基腺嘌呤,对应RNA上的修饰成为m6A,请注意区分)则是原核生物中代表性的DNA修饰,主要参与限制-修饰系统(restriction-modification),保护个体免受外来DNA的侵入,尽管哺乳动物中缺乏已知的限制-修饰系统,但近年来的研究在真核生物,甚至包括哺乳动物和植物基因组中鉴定到了6mA,并发现6mA在生长发育和疾病调控中具有重要作用。该技术利用DNA 6mA修饰特异的抗体对基因组上发生6mA修饰的区域进行富集,结合高通量测序,对基因组上的6mA修饰进行定位。

技术优势：

Ø 检测范围广：在全基因组范围进行检测。

Ø 针对性强：针对基因组上有6mA修饰的区域进行检测,降低测序量,减少成本。

Ø 适用范围广：适用于大部分物种。

实验策略：

基因组DNA→样本检测→打断→接头连接→抗体富集→PCR扩增→文库质控→上机测序

分析内容：

注：个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持

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经典案例

果蝇胚胎发育早期6mA图谱的绘制及6mA结合蛋白的鉴定

6mA-DNA-binding factor Jumu controls maternalto-zygotic transition upstream of Zelda

1 、背景

在胚胎发育早期，合子基因组如何精确地被母本因子激活，从而实现正常的胚胎发育，是一个长期存在的问题。

2 、方法

利用6mA-seq技术绘制了果蝇胚胎发育早期的6mA图谱，并通过6mA修饰区域的motif的分析，鉴定出胚胎发育早期关键的6mA结合蛋白。

3 、结论

绘制了果蝇胚胎发育早期6mA图谱；6mA结合蛋白Jumu可能通过调节Zelda的表达而在合子基因组激活过程中起到重要作用。

参考文献：

① DOI:10.1038/s41467-019-10202-3