常用的方法有Northern印迹杂交，斑点印迹杂交，RT-PCR，原位杂交与原位PCR，RNA半寿期的检测，进行中的转录分析（run。nassay）等。

（一）Northern印迹杂交
将RNA变性及电泳分离后，将其转移到固相支持物（如尼龙膜）上，再用某一细胞因子的标记核酸探针杂交，以检测相应细胞因子mRNA的分子量及其在细胞内的积累量。
细胞因子大都是在某种刺激因素的影响下，使其mRNA转录活性增强，从而导致细胞内mRNA积累增加。但用细胞总RNA作Northern印迹杂交，其结果不能*反映mRNA的转录活性，因为mRNA的稳定性及其降解速率直接影响细胞内mRNA的积累量。

（二）斑点及狭缝印迹杂交
原理同上。只是用RNA替代DNA点样在膜上，其变性方法与DNA不同。

（三）反转录PCR（RT-PCR）
细胞因子的mRNA寿命短且拷贝数低，因此难以在小量样本中进行检测。RT-PCR是一种能检测细胞内低丰度特异RNA的方法，其原理是首先以RNA为模板，在逆转录酶的催化下，合成与RNA互补的cDNA。然后以cDNA为模板，用PCR技术对靶序列进行扩增，使微量细胞因子的RNA经放大后检出。RT-PCR能检出单个细胞中少于10个拷贝的特异RNA，如同时放大内参照物，即可对RT-PCR检出的细胞因子mRNA进行定量。

（四）原位杂交及原位RT-PCR
原位杂交的原理基本同上，仅是在组织细胞切片上，用标记的核酸探针检测胞浆内的特异mRNA；而检测细胞内低拷贝mRNA的方法则用原位反转录PCR。

（五）mRNA半寿期的测定
mRNA半寿期的长短直接影响细胞内mRNA的积累量。其测定原理是利用放线菌素D（10ug／mL）可阻断新的mRNA的转录，在转录停止后的不同时间提取总RNA，通过Northem印迹杂交及扫描定量，确定阻断前已转录的mRNA随着时间迁移的衰减程度，以mRNA降解到原有mRNA的50％所需要的时间为该mRNA的半寿期。