荧光定量PCR在反应中，引入了一种荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也等比例增加。每经过一个循环，收集一个荧光强度信号，这样就可以通过荧光强度变化监测产物量的变化。从而得到一条荧光扩增曲线。荧光扩增曲线包括3个阶段：基线期，扩增期和平台期。

　　只有在荧光信号扩增期，PCR产物量的对数值与起始模板量之间存在线性关系，所以可以在这个阶段进行定量分析。为了便于对所检测样本进行比较，在荧光定量PCR反应的指数期，需要设定一定荧光信号的阈值，一般这个阈值是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本地信号，荧光阈值的缺省设置是3~15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。

　　荧光定量PCR的理论依据是什么？

　　特定的待扩增基因片段起始含量越大，则指数扩增过程越短，当扩增速率趋于稳定后，则无论原来样品中起始模板含量多少，扩增片段的含量通常是一样的。理想的扩增结果：Y=X×2"其中Y代表扩增产物量，X代表PCR反应体中的原始模板数n为扩增次数；理论上PCR扩增效率为100%，PCR产物随着循环的进行成指数增长，但实际上：DNA的每一次复制都不*，即每一次扩增中，模板不是呈2的倍增长；实际应为：Y=X（1+E）"，其中E代表扩增效率：E=参与复制的模板/总模板，通常E≤1，E在整个PCR扩增过程中不是固定不变的。通常X在1~105拷贝、循环次数n≤30时，E相对稳定，原始模板以相对固定的指数形式增加，适合定量分析，这也就是所谓的指数期；随着循环次数n的增加（>30次），E值逐渐减少，Y呈非固定的指数形式增加，进入平台期。