利用离子阱作为分析器的质谱仪称为离子阱质谱仪。目前使用最多的是由高频率电场进行离子封闭的保罗阱(Paul trap)。由一个双曲面截面的环形电极和上下一对端电极构成。封闭在真空池内的离子，通过高频电压扫描，将离子按m/z从池中引出进行检测。离子阱质谱仪是一种低分辨时间串联质谱仪。可以进行msn的测定(通常n=2-6)。而且价格比其它类型的串联质谱仪便宜。目前在有机物定性方面得到了很广泛的应用。
离子阱质谱仪种类有多种。
1、按分析目的可分：化验室离子阱质谱仪和工业离子阱质谱仪。
2、按分辨率可分：低分辨离子阱质谱仪、中分辨离子阱质谱仪和高分辨离子阱质谱仪。
3、按联用方式可分：离子阱气质联用仪、离子阱液质联用仪和等离子体离子阱质谱仪等。
4、按分析对象的属性可分：离子阱有机质谱仪、离子阱无机质谱仪和离子阱同位素质谱仪等。
5、按用途可分：离子阱生物质谱仪、离子阱制药质谱仪、离子阱化工质谱仪、离子阱食品质谱仪、离子阱医用质谱仪、离子阱菌体质谱仪、离子阱维生素质谱仪、离子阱啤酒质谱仪、离子阱淀粉质谱仪、离子阱发酵液质谱仪、离子阱矿物油质谱仪、离子阱原油质谱仪、离子阱试验质谱仪和离子阱专用质谱仪等。
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