一、保护柱的选择
选择保护柱的原则是：在满足分析分离要求的前提下，尽可能的选择较短的保护柱结构，对分离样品有比较小的保留性的色谱填料。
在选择保护柱之前首先要考虑的是样品是否清洁。对于大部分分析工作来说，一支1cm长的保护柱便能提供充分的保护作用。但是，如果样品非常不清洁，或工作中要经常更换保护柱，那么就应该选择2cm或3cm长的保护柱。但是，随着保护柱的加长，保留时间也会变长。
保护柱的内径应与分析柱的内径相同或相当。保护柱的填料装填方式也很重要。目前有薄膜装填法的保护柱，使用过程很简单方便，而且可以在实验室中进行干装。但是，其zui大的缺点是不经济，特别是针对中国的具体情况，一次性使用相对费用较高。另外，薄膜装填法的保护柱所装填的色谱填料有限，只能提供有限的保护作用；不过也因为所装填的色谱料较少，保护柱的长度也较短，所以对分析样品的保留时间的影响也很小。另一种保护柱结构其实质是缩短了色谱分析拄，设计方式上有直连式、手紧式或整体式。整体式设计是由色谱的生产厂商直接安装在色谱分析柱上的，必须与色谱分析柱一同订货，可以非常方便地使用，但不能够被修改。直连式结构设计可在任何时候有色谱工作者来安装连接，可以与任何品牌的色谱分析柱连接使用，而且还可以根据样品的相关情况选择不同的保护柱长度。手上紧即可。另外从保护柱结构又分为是否可以更换保护柱柱芯。可以降低保护柱的使用成本。
一般来说，保护柱填料的选择是由分析柱的填料决定的，正常情况下可以选择与分析柱一样的色谱填料，但是，根据实际工作的需要，也可以不必与分析柱的填料*匹配。
二、什么时候应该更换保护柱
当满足下列条件之一时就应该更换保护柱。
a、色谱柱的理论塔片数下降15%以上；
b、色谱柱柱前压上升15%以上；
c、zui难分离的物质对分辨率下降15%以上；
d、样品进样次数超过150次；
e、流动相通过1500倍的色谱柱体积。
三、保护柱/保护柱芯更换步骤
1.将色谱柱与保护柱断开，将保护柱（或柱芯换下）
2.将保护柱换上（或将保护柱芯所有胶带除去，将柱芯换上，将保护柱接上）
3.将换好的保护柱用甲醇冲洗30分钟
4.将色谱柱接上
四、在线过滤器 预柱 保护柱的原理区别
在线过滤器在泵和进样阀之间，只有筛板，只是物理过滤，
保护柱在进样阀和色谱柱之间，有填料，可吸附物质
预柱是个混淆的概念，pre-column,一般可直译为预混合柱，放在泵和进样阀之间，有硅胶填料，可以降低色谱柱填料被酸、碱流动相溶解
同时也有把预柱当保护柱的
五、清洗
保护柱在清洗时首先要拆下分析柱，以免洗脱物进入分析柱；然后选择适当的流动相进行冲洗。
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