实时荧光定量 PCR （ Real-time Quantitative PCR, qPCR ） 的化学原理主要包括两种类型：探针类和非探针类。其中，探针类方法具体包括：

TaqMan 探针法：

原理： 在 PCR 反应体系中，加入一对引物的同时再加入一个特异性的荧光探针。探针两端分别标记一个荧光报告基团和一个淬灭基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收， PCR 仪检测不到荧光信号； PCR 扩增时， Taq 酶的 5' - 3' 外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，实现了荧光信号的累积与 PCR 产物形成全同步，这是定量的基础。

优点： 具有高度特异性，重复性好，荧光信号强，适合进行基因拷贝数的确定，尤其是在临床诊断中，如病毒和病原菌定量检测。

缺点： 只适合一个特定的目标，探针价格较高。

分子信标技术：

原理： 分子信标是一种发夹结构的荧光探针，两端分别标记有报告基团和淬灭基团。在游离状态下，报告基团与淬灭基团靠近，荧光信号被淬灭。当与目标序列结合时，发夹结构打开，报告基团与淬灭基团分离，发出荧光信号。

优点： 具有高度特异性，能够区分成熟 microRNA 分子和前体分子以及其它成熟 microRNA 的同源分子，适用于高通量的 SNP 检测。

缺点： 设计复杂，需要特定的序列信息。

FRET （荧光共振能量转移）技术：

原理： 利用两个荧光基团之间的能量转移来检测 PCR 产物。一个基团作为供体，另一个作为受体。当它们在一定距离内时，供体的荧光能量可以转移到受体，产生特定的荧光信号。

优点： 可以实现多重反应，适用于同时检测多个基因。

缺点： 设计和应用相对复杂。

这些探针类方法通过特异性地结合或检测 PCR 产物，提供了高度的特异性和准确性，但通常需要设计特定的探针，且成本相对较高。