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高通量建库仪在GWAS大量样本测序研究中的应用

阅读:165      发布时间:2025-4-17
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GWAS(Genome-Wide Association Study)-全基因组关联分析,是一种在全基因组范围搜索遗传变异位点,并与性状进行关联分析的一种方法,通过比较基因型与表型,锁定与目标性状相关的基因位点。



GWAS

目前常见的应用领域

农业分子育

揭示关注农艺性状的遗传基础(产量、抗逆性、品质等),探索遗传学机理,为分子育种提供指导和支持。

疾病研究

寻找特定疾病(例如心血管疾病、精神类疾病、癌症等)相关的遗传变异位点,了解疾病发病机制,为早期预防和治疗提供靶点信息。


在农业领域

动植物GWAS研究流程及内容



GWAS研究中,一般自然群体材料的样本数量要求至少200个以上,而针对复杂性状,样本数量的要求更多,以便得到更为准确的功能基因定位(表1:水稻GWAS已发表文章中的样本数量)。

表1

针对群体数量较大的GWAS研究,在测序前期湿实验的建库环节无疑是一个巨大的工作任务,无论是全基因组GWAS,还是简化基因组GWAS,都给人工建库带来挑战,而高通量的自动化建库仪为大量样本的建库提供了一个高效、稳定、安全的工作平台,单个工作日可完成200-300个基因组文库的构建。

Vitae 180 NGS-96建库仪

大量样本测序研究中的应用




Vitae 180 NGS-96建库仪适用于高通量(96个样本/run)的建库需求,可自动化完成各类文库构建流程;包含建库所需要的所有功能模块(PCR板冷槽、PCR 板加热模块、PCR 板振荡模块、PCR板磁力架、PCR仪),满足不同建库流程的需要。

全基因组建库流程

盘面布局

产品特点

产品参数

参考文献

[1] Chen W, Gao YQ, Xie WB et al., Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism[J]. Nature Genetics (2014)

[2] Yang WN, Guo ZL, Huang CL et al., Combining high-throughput phenotyping and genome-wide association studies to reveal natural genetic variation in rice[J]. Nature Communications (2014)

[3] Si LZ, Chen JY, Huang XH, et al., OsSPL13 controls grain size in cultiv ated rice[J]. Nature Genetics (2016)

[4] Yano K, Yamamoto E, Aya K, et al., Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice[J]. Nature Genetics (2016)

[5] Meyer RS, Choi JY, Sanches M, et al., Domestication history and geographical adaptation inferred from a SNP map of African rice[J]. Nature Genetics (2016)

[6] Guo Zilong, Yang Wanneng, Chang YuMa et al., Genome-Wide Association Studies of Image Traits Reveal Genetic Architecture of Drought Resistance in Rice[J]. Molecular Plant(2018)

[7] Zilong Guo, Xiao Liu, Bo Zhang et al., Genetic analyses of lodging resistance and yield provide insights into post-Green-Revolution breeding in rice[J]. Plant Biotechnology Journal(2020)

[8] Cong Zhou, Qian Zhang, Yu Chen et al., Balancing selection and wild gene pool contribute to resistance in global rice germplasm against



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