厌氧反应器启动关键在于接种污泥、水质水量控制和温度调节。接种污泥要选择活性高、沉降性能好的，比如污水处理厂消化池的厌氧污泥，接种量一般为反应器有效容积的 10% - 30% 。
启动初期，水质水量需严格控制。进水 COD 浓度不宜过高，控制在 1000 - 3000mg/L，避免冲击厌氧微生物。采用低负荷进水，逐渐增加水量，水力停留时间（HRT）从 24 - 48 小时开始，随着微生物适应，逐步缩短 HRT。
温度对厌氧微生物影响大，中温厌氧一般控制在 35 - 38℃，高温厌氧控制在 50 - 55℃。可通过加热系统维持温度稳定，偏差控制在 ±1℃。同时，监测 pH 值、碱度和挥发性脂肪酸（VFA），pH 值保持在 6.8 - 7.2，碱度在 1000 - 3000mg/L（以碳酸钙计），VFA 浓度小于 300mg/L，确保厌氧反应器稳定启动，微生物快速适应新环境，发挥高效处理能力。
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