一半以上色谱柱的失效问题都是堵塞造成的。因此提高色谱柱使用寿命的一个关键点就是用规格为0.2微米的滤膜预先过滤移动相和样品。

另一个重要方面是移动相和填料的相容性。标准反相固定相填料在1.5-9的pH值区间内表现都很稳定。在特定条件下（有机缓冲溶剂作为移动相）固定相填料甚至在pH值高达12的情况下仍能保持一定的化学稳定性。通常情况下，对于硅胶基质固定相，有机缓冲溶剂要比像磷酸盐或者碳酸盐类无机缓冲液显得更温和。

此外，应避免含有缓冲成分的移动相在色谱柱内静置停留的时间超过10分钟。此时，要么选择一个非常缓慢的流速（在内径为4.6毫米的色谱柱上选用0.1毫升/分钟的移动相流速）而不是暂时关停色谱流，要么将含有缓冲成分的移动相就地换成非缓冲移动相（比如，水/乙腈70/30）。以避免移动相中缓冲盐份析出而造成色谱柱的堵塞。