特异性：Qubit RNA IQ Assay Kit 的原配荧光染料对 RNA 具有高度特异性，能准确结合 RNA，排除其他生物分子如 DNA、蛋白质等的干扰。若使用其他品牌荧光染料，可能无法如此精准地特异性结合 RNA，比如一些染料可能也会与 DNA 有一定程度的结合，从而导致检测结果中 RNA 浓度出现偏差，因为检测到的荧光信号可能包含了 DNA 与染料结合产生的部分。

结合位点与亲和力：原配荧光染料与 RNA 的结合位点和亲和力经过精心设计，可保证在一定条件下与 RNA 充分且稳定结合，准确反映 RNA 的量。不同品牌染料的结合位点和亲和力可能不同，可能无法在相同条件下与 RNA 达到最佳结合状态，例如结合过强可能导致染料难以从 RNA 上解离，影响检测的动态范围；结合过弱则可能在检测过程中染料脱落，使荧光信号不稳定，最终影响浓度测定的准确性。

激发与发射波长：Qubit 仪器是根据原配荧光染料的激发和发射波长特性进行优化设计的。其他品牌荧光染料的激发和发射波长可能与原配染料不同，若使用这些染料，Qubit 仪器可能无法提供合适的激发光，或者不能有效检测到发射光，导致无法准确测量荧光信号强度，进而无法准确得出 RNA 浓度。

荧光量子产率：荧光量子产率决定了荧光染料在吸收光能后发射荧光的效率。原配荧光染料具有较高且稳定的量子产率，能保证在与 RNA 结合后产生较强且稳定的荧光信号，以实现准确检测。不同品牌的染料量子产率可能较低，产生的荧光信号较弱，增加了检测的背景噪音，降低了检测的灵敏度和准确性；或者量子产率不稳定，会使荧光信号随时间或环境条件变化而波动，影响结果的重复性。

片段大小区分能力：Qubit RNA IQ Assay Kit 的原配染料通过对不同大小 RNA 片段的荧光信号分布分析，来评估 RNA 的完整性，如计算 RIN 值和 28S/18S 比值等。不同品牌的荧光染料可能对不同大小 RNA 片段的结合特性不同，无法准确反映不同片段的真实分布情况，导致计算出的 RIN 值和 28S/18S 比值不准确，不能真实反映 RNA 的质量。

构象敏感性：原配荧光染料对 RNA 的二级结构等构象有一定的敏感性，能更全面地评估 RNA 的质量。而其他品牌染料可能对 RNA 构象不敏感，无法检测到 RNA 结构变化对其质量的影响，从而使检测结果不能准确反映 RNA 的实际质量状况。