在细胞分选的方法里，主要包括特异性分选和非特意性分选两类方法，两类方法的关系有点类似定量（只针对特定目标基因进行检测）和转录组测序。

        非特异性选择的方法则通常都是高通量的方法，一般是用特定的技术随机从样本中捕获的大量细胞单体，然后直接平行对大量细胞进行独立的测序，再从大量单细胞数据中寻找自己感兴趣的细胞类型进行后续分析。反转录扩增过程中，每个细胞的cDNA会被接上特异的接头序列，保证后续混合测序后还能重新独立拆分每个细胞的数据，芯片由于可以平行进行96个细胞的建库测序，降低了成本。但是这种方式进行单细胞制备时，每个细胞的裂解和核酸扩增反应都不能很*、*，因此每个细胞最终获得的基因数量很有限，一般在1000-2000个左右。而且无法进行细胞筛选，导致大量无用细胞的数据被记录，大大增加了背景噪音信号。如果要增加每个细胞能获得的基因数量，必须选择另一种通量较低的方式进行。

       特异性选择方法，就是用特定标志对特定目标细胞进行挑选，然后对目标细胞开展测序。这种方式虽然通量较低，但是由于每个细胞都是在单独的PCR管中进行裂解和核酸扩增，每一步的反应都可以进行得很*，因此每个细胞最终能获得的基因数等达到10000个左右。另外，由于特异性选择获得的单个细胞都是经过筛选的目的细胞，因此数据质量远高于非特异性选择的高通量方式。