在进行单细胞转录分析之前，我们需要确定自己拿到了正确的细胞。如果你想要的细胞已经处于悬浮状态（比如循环肿瘤细胞），而且含量相对比较丰富，那么流式细胞分析将是你的理想选择。如果样本是实体组织，我们可以用酶分解掉胶原和其他细胞外蛋白。不过酶学消化对细胞影响较大，甚至可能改变基因转录情况。

　　把组织细胞制成悬液之后，我们就可以通过特异性的荧光标签分离出自己想要的细胞，进一步拿到单细胞是比较棘手的一步，可能需要用到微流体设备。

　　单细胞分离法是一种从待分离的材料中直接分离单个细胞进行培养获得纯培养的方法。该法在显微镜下操作，对于体积较大的微生物，可以用毛细管提取微生物个体；对较小的细胞或孢子，可以用显微针、钩、环等挑取以获得单细胞；也可将适当稀释后的样品制成小液滴，在显微镜下选取只含有一个细胞的液滴培养。

上海单细胞分离实验基本步骤流程：

　　1.将悬浮细胞作简单的染色（也可不染色直接分离）处理之后，用移液枪转移到芯片中。

　　2.在芯片中细胞样本，会随着芯片通路中的设计以单细胞流的方式通过微流体通道。

　　3.在微流体通道的特定位置，有激光照射和荧光接收，检测细胞荧光信号。

　　4.根据设定的荧光条件，将目的单细胞分离至孔板中（支持96孔板/384孔板）。