鱼类环境DNA监测，是通过采集游离在水体中的鱼类DNA，经过富集、提取、扩增、测序等过程，并与数据库比对，揭示水体中可能存在的鱼类物种。环境DNA监测具有便捷、灵敏、对生物无害的特点，是传统形态学调查方法的有益补充。

鱼类环境DNA采样和富集，难点在于抽滤富集效率不高，可采取多级过滤的方式，即滤棉、大孔径滤膜和小孔径滤膜逐级过滤，以提高抽滤效率；重点在于避免调查点位间及其他因素带来的交叉污染，监测过程中，应采取必要措施，对前一个点位所使用的设备和耗材进行充分消杀，并防止交叉污染。