蛋白分子量测定结果会受到多种因素的影响，包括实验方法本身的局限性、仪器设备的精度、样品的性质和处理过程等。以下是一些主要的影响因素：
-实验方法
-凝胶电泳法：凝胶浓度和交联度会影响分子筛效应，进而影响蛋白质的迁移率和分子量测定的准确性。此外，SDS-PAGE中SDS与蛋白质的结合比例、缓冲液的pH值和离子强度等也会影响蛋白质的迁移，若这些条件控制不当，可能导致分子量测定偏差。
-凝胶过滤法：凝胶的孔径分布和柱床体积的均匀性对结果有重要影响。如果凝胶孔径不均匀，会导致蛋白质分子在凝胶颗粒中的扩散行为异常，影响其洗脱体积，从而使分子量测定不准确。同时，样品的上样量和洗脱流速也需要严格控制，上样量过大或洗脱流速过快会使蛋白质分子之间的分离效果变差，影响分子量的准确测定。
-质谱法：基质的选择和质量分析器的精度是关键因素。不同的基质对不同类型蛋白质的离子化效率不同，如果基质选择不当，可能导致某些蛋白质离子化不全，从而无法准确测定其分子量。质量分析器的分辨率和精度决定了能够准确测量的质量范围和质量精度，低分辨率的质量分析器可能无法区分分子量相近的蛋白质，导致测定结果不准确。
-仪器设备
-精度和校准：蛋白分子量的精度直接影响测量结果的准确性。例如，电子天平的精度不足可能导致样品称量不准确，从而影响蛋白质浓度的计算和分子量的测定。此外，仪器的校准是否准确也至关重要。如分光光度计需要定期校准波长准确性和吸光度准确性，若校准不准确，会导致蛋白质浓度测定错误，进而影响分子量测定结果。
-仪器的稳定性：仪器的稳定性对长时间的测量过程尤为重要。例如，在凝胶电泳过程中，如果电源电压不稳定，会导致电场强度发生变化，从而影响蛋白质的迁移率，使分子量测定结果出现偏差。同样，在质谱分析中，仪器的离子源稳定性、质量分析器的稳定性等都会影响质谱图的质量和重复性，进而影响分子量测定的准确性。
-样品因素
-纯度：样品中的杂质会干扰蛋白质的迁移或离子化过程。例如，样品中含有核酸、多糖等杂质，可能与蛋白质结合形成复合物，改变蛋白质的分子量或电荷性质，从而影响其在凝胶电泳或质谱中的行为，导致分子量测定错误。
-构象：蛋白质的三维构象会影响其在凝胶过滤或凝胶电泳中的迁移行为。例如，一些蛋白质在溶液中可能形成多聚体或具有特殊的折叠结构，这些结构会影响其在凝胶中的有效尺寸，使其迁移率与根据一级结构计算出的分子量不相符。
-降解和修饰：蛋白质在样品制备或储存过程中可能发生降解或修饰。例如，蛋白酶的作用可能导致蛋白质降解成较小的片段，使测定的分子量偏小。而磷酸化、糖基化等修饰则可能增加蛋白质的分子量，并且修饰程度的不同也会导致分子量测定结果的差异。
为了获得准确的蛋白分子量测定结果，需要选择合适的实验方法，确保仪器设备的精度和稳定性，以及对样品进行妥善的处理和保存。同时，还需要进行必要的对照实验和质量控制，以减少各种因素对测定结果的影响。
