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基线是气相色谱仪运行中，性能的综合表现，组成仪器的各部分发生故障、操作条件和外界条件的变化等因素都会反映到基线上，因此可以根据基线(色谱图)判断故障的原因和部位。
正常操作中基线出现无规则毛刺
另外在使用整机基线（色谱图）异常，分析排除故障前先做以下三点工作：
第一，仔细核查操作条件，是否与分析方法要求一致；
第二，怀疑有了故障色谱图和所存的标准色谱图对照，判断是否真出了问题，千万不要盲目检修仪器；
第三 ，逐项仔细观察仪器或设备工作状态，看是否存在误操作。
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