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微生物育种就是指培育优良微生物的生物学技术。其方法通常为自然选育和人工选育两类，可单独使用，也可交叉进行。其中自然选育是对自然界的微生物，未经人工诱变或杂交处理的情况下进行分离和纯化。人工选育分为诱变育种和杂交育种两种。
应用：
1.在酶制剂菌种选育中的应用：酶制剂是活的有机体产生的有催化活性的蛋白质，是所有新陈代谢过程的要素。应用原生质体诱变技术对酶制剂的生产菌株进行诱变，已经获得了许多高产菌株。
2.抗生素高产菌种选育中的应用：抗生素是微生物细胞的次级代谢产物，主要采用微生物发酵法进行生物合成。由于生产菌种产量的高低受多步代谢调控的制约，高产菌株的选育也很困难。原生质体诱变作为一种诱变技术，在抗生素的高产菌种选育中已有着广泛的应用。
3.在氨基酸、生产溶剂及有机酸菌种选育中的应用：氨基酸是生物功能大分子蛋白质的基本组成单位，在食品、饲料、医药、化学工业、农业等行业中应用广泛，各国都在大力发展氨基酸生产。发酵法已成为氨基酸生产的主要方法。因此选育高产菌株是氨基酸工业发展的重要方向。
4.生素菌种选育中的应用：维生素是维持人和动物生命活动必需的、但不能自身合成的一类有机物质，在生长、代谢、发育过程中发挥着重要的作用。
5.虫菌种选育中的应用：苏云金杆菌（B acillus thuringiensis）是从自然界中筛选出来的一大类细菌型微生物杀虫剂，多应用于农林害虫的防治中。
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