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瞬时转染是在短时间内获得目的蛋白，而稳定转染是获得能长期稳定地生产目的蛋白的细胞株。
瞬时转染时，外源基因并没有转染到细胞的染色体上，而是存在于游离的载体上，可以在短时间（1-3天）内获得基因的表达产物。
但是随着细胞的不断分裂增殖，外源基因最终会丢失，无法继续进行重组蛋白的生产。
稳定转染是将外源基因转染至细胞染色体上，目的基因不会随着细胞传代而消失，稳定转染的细胞株能够长期稳定地生产目的蛋白。
另外，稳定转染还能够进行基因插入、基因敲除等编辑操作。
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